在MH17案件中，有十三名证人的身份将保持保密。根据审判官的说法，这些证人有权获得保护，因为他们可能感到受到威胁或处于危险之中。检察机关表示，证人面临“重大风险”。
关于这些“匿名证人”的身份尚未公布太多信息。目前尚不清楚他们是否仍居住或逗留在乌克兰或俄罗斯，或者是否在荷兰的协助下被安置在其他地方。他们的证词对于证明当前四名被告的罪责至关重要，也可能对未来出现的新被告起关键作用。
同样不清楚他们作为“匿名”证人是否享有与荷兰一般大型刑事案件中的“关键证人”相同的保护。后者在一些情况下会获得（较高的）经济赔偿以补偿收入损失或所受损害，甚至获得新身份和警护。
值得注意的是，大部分获得保护的证人是在2019年才被讯问的。这一过程由一名荷兰审判官（“调查法官”）执行。他们的证词被录像记录，且证人面部未作识别。在这些讯问中，三位荷兰检察官（“起诉方”）和被告律师（“辩护方”）都未出席。
对于一名证人的身份保密请求被法院驳回。审判官认为，这名证人因证词可能感到受威胁，但从实际操作角度来看，保障该证人的匿名性是不可能的。目前尚不清楚此举具体意味着什么，也不清楚该证人是否需要出庭作证。
三位检察官已要求法院整理一份关于编号为M58证人的视频讯问摘要。该证人近期自行公开了身份，但在诉讼中仍作为匿名证人处理。检察官称，该被告本人参与了BUK导弹的发射，并曾见过及与几名俄罗斯官员交流。
检察官还希望进一步询问另外五名匿名证人。如有必要，可再次由审判官匿名讯问，只要起诉方和律师事先以书面形式提出问题。通过此举，他们希望更多基础证据能够公开，也能部分驳回针对大量证据匿名处理“存疑”的指责。
遇难者家属的七位律师同样向法庭主张，应公开更多证据，以便哀悼的家属更清楚了解2014年7月17日这一天究竟发生了什么。
检察机关还希望设在史基浦的MH17法庭能参观重建的被击落马来西亚飞机。2015年，为联合调查组（JIT）调查用，坠毁在乌克兰东部的飞机残骸被运回荷兰，目前这些半残机被复原置于吉尔泽-赖恩空军基地的机库内。
三位检察官在针对四名被告的刑事审理第二天提出了“现场勘查”的建议。检察官表示，法官亲眼观察“对全面了解损毁情况非常重要”。检察机关希望法院能尽快决定是否进行此项勘查。该勘查可能安排在六月，即审理第二阶段开始时。第三阶段庭审预计在九月初，第四阶段则计划于明年二月进行。