法院认为，根据欧洲法律，部长不得考虑经济因素（正如农民所要求的），只能考虑生态和自然科学因素。法院判断，尽管这些栖息地在Natura2000法案实施时就已列入，但其自然状况近年来可能已恶化。
如果出现这种情况，若违反了所谓的恶化禁止令且部长未采取措施，政府甚至可能被欧盟指责失职。
针对部长的决定，荷兰各地多个法院收到了大量申诉。阿纳姆法院在三月中旬通过多次庭审处理了约70起案件。大多数申诉来自担心此次更新后果的农企。生活环境协会也提交了回应，力图防止Natura 2000区域的保护被削弱。
法院在判决中表示，他们理解农企对于该决定可能对其业务产生的影响感到担忧。很多农户表示，之前未曾意识到Natura 2000的划定会带来如此大的影响。
此外，农企目前正承受着氮问题带来的巨大压力，他们认为农业领域尤其成为了最大受害者。这一具争议的修改决定正是一个典型例子，表明先前划定的Natura 2000区域今后可能会被调整。
最终，法院维持了政府的决定。因为根据欧洲法律，部长有义务确保Natura 2000保护区内的栖息地和物种保护的准确性。若基于最新生态数据发现某些物种或栖息地未被包含，部长必须修正之前的划定。
不过，部长本应先公开栖息地类型图，但未曾做到。不过这一点并未改变案件结果，因为在申诉过程中这些栖息地类型图仍然可查阅，农户们有超过一年时间进行了反馈。许多农户并未提出意见。