主要的污染源来自农业中的肥料和化学物质，这些营养物质如氮和磷进入水体，引发富营养化。此外，工业废水也对河流、湖泊和沿海水域造成了化学污染。
水道的结构性变化，如大坝和水渠建设，也导致生态状况恶化，这一点在欧盟环境署的新报告中有所指出。
地表水被认为是维护生物多样性的关键，但在西北欧许多地区（包括比利时、荷兰和德国），超过90%的水体质量被评为中等、差或非常差。
因此，欧盟即将修订有关土壤污染和化学物质流失治理的指令极为关键。此次框架指令的修订不仅要改善水质，还需恢复生态系统的健康。
除了日益严重的地表水污染，欧洲还必须应对气候变化带来的挑战，这使水资源安全面临更大压力。气温上升、降水模式变化和植物性干旱期增加，导致多个地区尤其是南欧出现更严重的水资源压力。河流和湖泊等水体受到的污染加剧，进一步恶化水质。