生物燃料被视为化石燃料的替代品，旨在减少交通运输部门的温室气体排放。在过去十年中，欧盟大约投入了4.3亿欧元的补贴以促进生物燃料的发展。但从实验室研究到实际大规模生产的转变未能启动，并可能还需多年时间。
长期以来，预期农林产品可作为新的环保燃料原料。但目前生产的生物燃料主要作为传统汽油、柴油和航空煤油的掺混物，且比例非常有限。
此外，适合的生物质原料供应限制了生物燃料的使用。欧盟委员会曾预计推动生物燃料的使用将增加欧盟能源自主性。但实际上，许多原料主要从第三国进口（例如中国、英国、马来西亚和印度尼西亚的废烹饪油进口）。
欧洲审计院总结称，欧洲政策未能激活该新兴领域的生产和投资。例如，航空业本可成为生物燃料的大用户，欧盟已作出相关决定，确定2030年可持续航空燃料的需求水平为276万吨油当量，而目前潜在的生产能力仅是这一数字的十分之一左右。
近年来，生物燃料在公路运输领域的前景同样不明朗。大力发展电动汽车，并计划2035年停售新的汽油及柴油汽车，这可能意味着生物燃料在欧盟公路运输中难以大规模应用。