欧盟委员会提议方案的核心是将NGT技术分为两类。经过基因改造的植物和天然食品，如果其基因变化也可能通过自然突变产生，则不再归类为转基因食品。然而，所有其他NGT植物仍必须遵守转基因生物的相关规定。
但欧盟各国当前达成的立场尚未做出选择来解决一些敏感问题，例如是否在标签上设立“申报义务”，注明食品是否经过转基因技术处理。欧盟国家通过设置选择退出机制回避了这一决定，使部分新技术的允许权留给各国自行决定。
理事会的妥协方案允许欧盟国家禁止在其领土上种植第二类NGT植物。它们也可以采取措施防止这些植物在国内外的传播。德国不同意这一例外规定。
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来自欧洲议会绿色党团的欧盟多数国批评目前的立场。德国议员马丁·豪斯林称该提议为“激进的放松管制”，批评其缺乏标签、可追溯性和责任方面的要求。
凭借欧盟各国的谈判授权，现在可以启动与欧洲议会和欧洲委员会的三方谈判。只有当三方达成一致，该条例才能被采纳并生效。
欧洲议会早先已呼吁制定更严格的法规，特别是在标签和专利权方面。尤其是有机农业和无转基因生产系统面临风险。当前委员会的提议废除了有机和常规农业基因操作并存的规则。